A pesar de ser un problema mundial, las micotoxicosis clínicas no son de ocurrencia común en el área. Sin embargo las micotoxicosis subclínicas pueden afectar a las aves de diversas maneras, desde la inmunosupresión que conduce a una menor eficacia de las vacunas, hasta el hígado graso y la necrosis en boca, crestas y carúnculas.

Numerosos factores afectan la salud intestinal y por lo tanto, el desempeño productivo de las aves. La estructura e ingredientes del alimento juegan un papel fundamental en la reducción de la salud intestinal a través de factores antinutricionales, incluidas las micotoxinas como agentes causantes.

La condronecrosis bacteriana con osteomielitis (Cojera por CBO) es causada por una infección bacteriana de la cabeza femoral, la cual puede conducir a necrosis. Estudios a nivel mundial confirman el problema generalizado de la cojera. La cojera por CBO es una enfermedad común que afecta tanto a aves de larga vida como a aves de crecimiento rápido en todo el mundo.

La conservación de materias primas se centra en minimizar la contaminación microbiana, el crecimiento de moho, los procesos oxidativos, la producción de toxinas, el crecimiento de plagas de los cereales y los posteriores riesgos para la salud. La conservación también previene las pérdidas en la disponibilidad de nutrientes de las materias primas.

Las discusiones sobre bioseguridad a menudo dejan de lado al agua y el alimento. Sin embargo estos son dos de los principales vectores para el ingreso a la granja de organismos causantes de enfermedades. El alimento puede estar contaminado con diversos organismos patógenos que pueden o no ser destruidos durante el proceso de fabricación del alimento.

El incremento de las bacterias Gram-negativas en el intestino puede ocasionar diarrea, la cual conduce a lecho húmedo e inflamación de los intestinos. Esto tiene un efecto perjudicial en el desempeño productivo de los pollos de engorde, tanto para la tasa de crecimiento como para la eficiencia alimenticia. También provoca pérdidas en la producción de huevos y una menor cantidad de huevos comercializables en ponedoras y reproductoras debido al mayor número de huevos sucios.

La calidad de la cáscara del huevo es un factor económico importante, tanto en huevo fértil como en huevo para plato. Algunas micotoxinas, como la Ocratoxina A, pueden afectar la función renal al interferir con la producción de vitamina D3 y en consecuencia, con el metabolismo del calcio (Ca2+). Esto puede conducir a una calidad inferior de la cáscara del huevo, aumentar el número de huevos rotos y reducir la incubabilidad.